Empiecen su visita por Chora, la capital de la isla y el puerto más importante de Naxos. Construida sobre la loma de un promontorio, este pueblo de estilo veneciano no deja de fascinar al visitante. Es fácil perderse por sus intrincadas, estrechas y enrevesadas calles que suben al Kastro, la fortaleza veneciana en lo alto del pueblo y hoy sede del museo arqueológico. En ellas, las pequeñas y variopintas tiendas, las tabernas y los restaurantes ofrecen todo lo necesario para una estancia más que agradable.
Al norte de la isla se encuentra el pueblo de Apollonas (Apolo), llamado así por la presencia en sus inmediaciones de una enorme estatua abandonada antes de su finalización (kouros), que en un principio se creyó representaba al dios Apolo. En este pequeño pueblo destaca el apacible paseo marítimo con playa, en el que se puede degustar el pescado de la isla, así como cualquier otra especialidad griega. En los días ventosos, el mar golpea las rocas al norte adquiriendo un impresionante color turquesa.

En el interior de la isla se encuentra Apiranthos, un hermoso pueblo conocido como "el pueblo de mármol" que al parecer fue lugar de nacimiento de héroes nacionales en la revuelta contra los turcos del siglo XIX. Cuenta, además de tabernas y restaurantes, con un pequeño museo arqueológico en el que se exhiben piezas representativas del arte antiguo de las Cícladas.
Merece la pena recorrer los pueblos de Naxos que, casi intactos por el turismo, ofrecen al turista una visión del modo de vida griego auténtica y algo anclada en el pasado. Entre otros destacan Filoti y Calcio, en una llanura plagada de monumentos bizantinos, iglesias y antiguas torres venecianas, y Melanes donde puede verse otro kouros inacabado del siglo VII a.C.
La isla está salpicada por numerosas casas y torres de época veneciana, algunas de ellas convertidas en museos y centros de exposiciones. Entre las iglesias y monasterios más importantes de Naxos figura el de Panagia Drossiani, vetusto monasterio del siglo VII situado entre olivos, que sufrió numerosos avatares durante la ocupación turca y en el que se guardaba una imagen de la Virgen María que, según los habitantes, obró el milagro de la lluvia en medio de una devastadora sequía.
Las mejores playas de Naxos se encuentran en el suroeste de la isla. Destacan la de Agios Georgios, al lado de Hora; Agia Anna, bonita playa arenosa bastante concurrida; Kastraki, playa virgen más alejada del bullicio, y Liona, playa de restos marmóreos al norte de la isla.